AMD: Tuki Valtion Ja Paikallisille Laboratorioille Advanced Molecular Detection (AMD)

2023 Kirjoittaja: Stephanie Arnold | [email protected]. Viimeksi muokattu: 2023-08-03 12:45

AMD-ohjelman kriittinen painopiste on AMD-tekniikan käyttöönoton nopeuttaminen kaikissa osavaltion ja suurissa paikallisissa terveysosastoissa. CDC: n AMD-ohjelma toimii yhteistyössä muiden CDC: n asiantuntijoiden kanssa varmistaakseen, että Yhdysvalloilla on tekniikka ja infrastruktuuri amerikkalaisten suojelemiseksi tartuntataudeilta, mukaan lukien nousevat uhat, joita ei ehkä ole pystytty jäljittämään vanhempien tekniikoiden avulla. CDC AMD -ohjelma kehittää ja pilotoi seuraavan sukupolven diagnostiikkaa ja protokollia CDC: n sekä valtion ja paikallisten kansanterveyslaboratorioiden kanssa. Sitten ohjelmat hyödyntävät näitä työkaluja CDC: n kautta ja tuovat mittakaavan kansanterveyslaboratorioissa valtakunnallisesti.

Seuraavat esimerkit osoittavat AMD-tekniikoiden potentiaaliset vaikutukset, kun niitä hyödynnetään CDC-ohjelmien kautta:

AMD-tuettu laboratoriokapasiteetti: 2017

Alueellisten ja osavaltioiden laboratorioiden verkostot soveltavat AMD-rahoituksen avulla seuraavan sukupolven sekvensointia amerikkalaisten suojelemiseksi monilta tartuntatauteuhilta, kuten antibioottiresistenssiltä (AR), ruoan kautta leviävältä taudilta (PulseNet), tuberkuloosilta (TB) ja influenssalta (flunssa).

Oklahoma

Vuonna 2015 käytettiin AMD: n rahoittamia DNA-sekvensointityökaluja vahvistamaan Listerian puhkeamiseen liittyvät tapaukset neljässä osavaltiossa, mukaan lukien Oklahoma. Kymmenen ihmistä tarttui ja sairaalahoitoon, ja kuolemista ilmoitettiin kolme. Tauti puhkesi Blue Bell Creameries -jäätelöstä. Koko genomin sekvensointi auttoi havaitsemaan tämän Listeria-puhkeamisen ravintolähteessä, jota ei todennäköisesti olisi koskaan tunnistettu ilman AMD-menetelmiä.

Washington

AMD: n rahoittamat DNA-sekvensointityökalut auttoivat kansanterveyslaboratorioita ja sairasdetektiiviä ratkaisemaan vuonna 2016 jauhoihin liittyvän E. colin puhkeamisen. Tautipesäke vaikutti ihmisiin 24 osavaltiossa, mukaan lukien Washington, ja aiheutti 63 sairautta ja 17 sairaalahoitoa. Tämän puhkeamistutkimuksen tuloksena kansanterveysvirastot päivittivät varoituksiaan raa'an taikinan tai taikinan syömistä vastaan sisällyttämällä siihen mahdollisuus sairastua E. coliin keittämättömistä jauhoista. Vaikka tämä ei ollut ensimmäinen puhkeaminen, jonka epäiltiin liittyvän E. colin saastumiseen jauhoissa, DNA-sekvensointi yhdessä epidemiologisen tutkimuksen kanssa antoi meille mahdollisuuden luoda linkki ensimmäistä kertaa.

Indiana

CDC-laboratorion tutkijat käyttivät AMD-tekniikoita torjuakseen viime vuosien suurimman HIV-taudinpurkauksen. Taudinpurkauksen aikana yli 200 ihmistä sai HIV-tartunnan ja yli 90% sairastui samanaikaisesti hepatiittiin C. Yhdistämällä AMD-tekniikka perinteisiin paikan päällä toteutettaviin epidemiologioihin ja laboratoriovälineisiin CDC totesi, että tautipesäke rajoittui yhteen lääniin., jonka avulla kansanterveysviranomaiset voivat keskittää rajalliset resurssit ihmisiin, joilla on suurin riski ja jotka tarvitsevat eniten testaus- ja hoitopalveluita.

Kalifornia

Kalifornia toteutti DNA-sekvensoinnin osavaltionsa laboratoriossa ja muutamissa maakunnan laboratorioissa. Ensimmäinen alue, jolla valtion laboratoriot integroivat AMD-tekniikat, on usein elintarvikkeista johtuvien tautien seuranta. AMD auttoi tukemaan CDC: n sekä valtion ja paikallisten terveysosastojen infrastruktuuria siirtyäkseen 20 vuotta vanhasta tekniikasta (PFGE) huipputekniselle koko genomin sekvensoinnille. Tämän tekniikan käyttö Listeriaan, joka on yleinen syy ruoka-aineisiin sairauksiin, osoittaa, että se havaitsee sairausklasterit nopeammin, linkittää enemmän tautipesäkkeitä tiettyihin ruokia ja havaitsee sairausklasterit, joita ei olisi havaittu vanhemmilla menetelmillä. Tammikuusta 2018 alkaen kaikki valtiot siirtyivät DNA-sekvensointiin Listerian havaitsemiseksi ja jäljittämiseksi. Järjestelmä laajenee nopeasti kattamaan kaikki elintarvikkeissa leviävät bakteerit.

Minnesota

Minnesotan terveysministeriö on yhteistyössä CDC: n ja Mayon klinikan kanssa, jotta puun kautta leviävät Borrelia-infektiot voidaan tunnistaa paremmin Yhdysvalloissa AMD-menetelmillä. Jotkut Borrelia-bakteerilajien alaryhmät aiheuttavat ihmisten sairauksia. Yksi ryhmä aiheuttaa uusiutuvia kuumeita ja toinen aiheuttaa Lymen taudin, joka on Yhdysvalloissa yleisin puukkotauti. Tutkijat löysivät vuonna 2017 ensimmäistä kertaa ihmisen bakteerin, Borrelia johnsonii. Aikaisemmin tämän bakteerin ajateltiin olevan löydettävissä vain lepakoiden punkkista. Ihmisiä infektoivien Borrelia-lajien tyypin ja maantieteellisen jakauman parempi ymmärtäminen parantaa sairauksien kliinistä tunnistamista, laboratoriodiagnoosia ja ehkäisyä.

Hepatiittia jäljittävät valtion kansanterveyslaboratoriot

CDC-hepatiitti-asiantuntijat kehittivät AMD-investointien avulla räätälöidyn NGS-lähestymistavan hepatiitti C -viruksen (HCV) sekvensoimiseksi ja käynnistivät globaalin hepatiitin puhkeamisen ja seurannan tekniikan (GHOST). GHOST on pilvipohjainen järjestelmä, joka integroi NGS-tiedot bioinformatiikkaan ja tietotekniikkaan. Tietokoneosaamisesta riippumatta GHOST-käyttäjät voivat suorittaa kustannustehokkaan ja tarkan HCV-molekyylivalvonnan. CDC kouluttaa tällä hetkellä valtioita siitä, kuinka käyttää AMD-menetelmiä ja ladata NGS-sekvenssitietoja GHOSTiin. Tämän koulutuksen takia osallistuvat valtion kansanterveyslaboratoriot käyttivät GHOST-ohjelmaa vuonna 2017 kotimarkkinoidensa puhkeamisen tunnistamiseen.

Tennessee

Tennessee Health Department (TDH) tunnisti huhtikuussa 2017 klusterin seitsemästä viimeisimmästä HIV-tapauksesta. Koska laboratorio- ja epidemiologiahenkilökunta oli kouluttanut CDC: n GHOST-tekniikoita ja koetellut niitä vuonna 2016, he käyttivät tätä tehokasta AMD-työkalua klusterin tutkimiseen. GHOST löysi 22 tapausta (7 HIV-klusterista ja 15 tiedotustestauksesta) 4 linkkiä - kaikki tiedotustestauksesta. Tässä klusterissa kaksi ihmistä oli yhteydessä potilaisiin, jotka oli testattu valtion vuoden 2016 GHOST-pilottihankkeen aikana toteutetun massiivisen testin aikana.

Michigan

Vuonna 2017 Michiganin terveys- ja ihmispalvelujen (MDHHS) epidemiologit epäilivät näkevänsä HCV-tartuntojen klusterin, mutta perinteinen seuranta ja tutkimus ei paljastanut yhteyksiä tapausten välillä. MDHHS-laboratorion ja epidemiologian henkilökunta oli äskettäin osallistunut CDC: n GHOST-järjestelmän koulutukseen. He kääntyivät AMD-menetelmiin viruksen DNA: n sekvensoimiseksi tartunnan saaneilta ja käyttivät GHOSTia HCV: n geneettisen sukulaisuuden vahvistamiseen tartunnan saaneiden keskuudessa, tarkistaen HCV-infektioklusterin.

New York

New Yorkin osavaltion ja Westchester Countyn lääketieteelliset osastot tutkivat vaihtoehtoisen lääketieteen käytäntöä HCV-infektion diagnosoinnin jälkeen joillekin potilaille. Valtion Wadsworth Center -laboratorio suoritti seuraavan sukupolven sekvensoinnin ja GHOST-analyysin näytteistä viideltä HCV-positiivisella potilaalta, jotka olivat saaneet laskimonsisäisiä infuusioita käytännössä. GHOST-analyysi tunnisti yhden siirtoklusterin, joka yhdisti kaikki viisi potilasta ja antoi kriittisen todisteen siitä, että potilaat olivat saaneet HCV-tartuntaa lääketieteellisessä käytännössä suoritettujen menettelyjen avulla.

AMD-ohjelma toimii yhdessä antibioottiresistenssi- (AR) ratkaisualoitteen kanssa

AMD-ohjelma tekee yhteistyötä antibioottiresistenssi- (AR) ratkaisualoitteen kanssa lisätäkseen AMD-tekniikoiden käyttöä kansanterveyslaboratorioissa valtakunnallisesti. AR-tutkimuksissa korostetaan AMD-tekniikoiden käytön merkitystä ilmaantuvan vastarinnan havaitsemiseksi, globaalien vastustusuhkien tunnistamiseksi ja vastustuskyvyn leviämisen estämiseksi Yhdysvalloissa.

Havaiji

Havaijin terveysministeriö (HDOH) on kriittinen valvontapaikka antibioottiresistentin gonorean seurannalle seuraavan sukupolven AMD-sekvensoinnin avulla. Yhteistyössä CDC: n kanssa HDOH tunnisti nopeasti seitsemän potilaan gonorrhea-kannat, joilla oli kohonnut vastustuskyky CDC: n suositelluille hoitomenetelmille. Tämän ansiosta taudintutkinnon asiantuntijat pystyivät varmistamaan, että potilaat saivat asianmukaista hoitoa ja että heitä kosketuksiin joutuneiden henkilöiden kanssa toteutettiin seurantaa, joka sisälsi tämän mahdollisesti vastustuskykyisen gonorrhea-kannan leviämisen.