Parempi Syklosporan Analysointi Ja Seuranta - Advanced Molecular Detection (AMD)

2023 Kirjoittaja: Stephanie Arnold | [email protected]. Viimeksi muokattu: 2023-08-03 12:45

C. cayetanensiksen oosystit värjättiin trikromilla.

Cyclospora cayetanensis on yksisoluinen loinen, joka aiheuttaa suolen tulehduksia. Se on erityisen haastava patogeeni analysoida, mutta AMD: n ja prototyyppityyppityökalun ansiosta, joka luo”DNA-sormenjäljen”, sairauksien etsijöillä voi olla helpompaa murtaa koodi syklosporan puhkeamisissa.

Kyky kyetä nopeasti havaitsemaan saman Cyclospora-kannan aiheuttamat sairausklasterit ovat kriittisen tärkeitä tutkimuksissa, joiden tarkoituksena on selvittää, missä nämä loiset pääsevät ravintoaineisiin ja miten kuluttajat tarttuvat. Parasiittisten sairauksien ja malarian osaston (DPDM) CDC-tutkijat ovat kehittäneet menetelmiä Cyclospora cayetanensis -lajin geneettiseksi tyydyttämiseksi AMD-ohjelman alkamisesta lähtien vuonna 2014. Mutta kirjoittamistyökalun luomiseksi tutkijoiden oli ensin sekvensoitava erittäin suuri ja monimutkainen Cyclospora-genomi tunnistaa sopivat molekyylimarkkerit loisten sormenjälkien löytämiseksi. Tämä vaati uusia laboratoriotekniikoita, koska syklosporan loisia ei voida kasvattaa laboratoriossa, ja niiden ulkopinta on kova, joustava, minkä vuoksi ne ovat vaikeaa avautua DNA: n erottamiseksi.

Kesällä 2018 uudet menetelmät olivat valmiita testattavaksi. Sattumalta Yhdysvaltojen osavaltioiden ja paikalliset kansanterveyslaboratoriot alkoivat ilmoittaa ennätyksellisesti lisääntyneen kotimaassa hankittujen Cyclospora-sairauksien lisääntymisestä, mukaan lukien kaksi monivaltioiden puhkeamista, jotka liittyvät valmiiksi pakattuihin vihannesalustoihin ja pikaruokasalaateihin, jotka kärsivät yli 700 ihmistä. CDC-tutkijat olivat odottaneet saavan korkeintaan 200 Cyclospora-näytettä koko touko-elokuun kaudeksi, mikä on tyypillinen syklosporiasiksen kausi Yhdysvalloissa. Vuoden 2018 puhkeamisen huipulla he kuitenkin saivat noin 120 näytettä viikossa.

Uusi kirjoitustyökalu vertaa kahdeksan markkeria loisen genomissa. Näiden merkkien perusteella lasketaan todennäköisyys, että kaksi näytettä liittyvät toisiinsa, jotta samanlaiset näytteet voidaan ryhmitellä. Koska tämä prosessi toimii paremmin, kun sinulla on enemmän näytteitä vertailtaviksi, vuonna 2018 vastaanotettujen epätavallisen suuri määrä näytteitä auttoi tutkijoita arvioimaan ja parantamaan työkalua tulevaa käyttöä varten.

CDC-tutkijat ovat valmiita tyypittämään Cyclospora-näytteet reaaliajassa Cyclospora-kauden 2019 aikana, jotta voidaan arvioida uuden työkalun hyöty puhkeamisen havaitsemiseksi. He pyrkivät myös standardisoimaan koneistusprosessin Yhdysvaltojen osavaltioiden kansanterveyslaboratorioissa varmistaakseen, että menetelmät ovat helppokäyttöisiä. Tämä vaatii koulutusta sen varmistamiseksi, että valtion ja paikallisten terveysosastojen asiantuntijat voivat seurata ja sopeutua uuteen tekniikkaan.